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第7回3次元ゲル線量計研究会 @ 金沢

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第7回3次元ゲル線量計研究会を金沢で行います.

日時 11月24日 13:00 ~ 25日 12:00ごろまで
場所 金沢大学 医薬保健学域保健学類 1号館2F 1220講義室
24日19:00から意見交換会も予定しております.

参加申し込み,詳細は広島国際大学の林研究室Webページを御覧ください.
http://www.hirokoku.jp/hr/dosgel/20181124-25gelkai/index.html

 

案内情報をまとめました. (2018.10.31追記)

研究会会場およびいろいろ案内(pdf) ダウンロード

情報交換会案内 (pdf) ダウンロード

2018年度 北信がんプロセミナー

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北信がんプロセミナーを開催します.
金沢マラソンと日付が被ってしまいましたが, 午後からですので交通規制も大学周辺は解除されていると思います.ぜひ奮ってご参加ください.

日時: 2018年10月28日(日) 13:30-17:15
場所: 金沢大学医薬保健学域保健学類 1号館2階 1220講義室
会費: 無料
持ち物: 電位計*, PC
*電位計は1施設1台まででお願いいたします. また, 端子がBNC(Ramtecシリーズ使用の端子)以外の場合武村までご連絡ください.

プログラム:
13:30-14:30 講演「IGRTの進化とMR-Linac」
エレクタ株式会社 Research Physics Manager 岩井 良夫 先生

14:45-17:15 実習「ユーザーによる電位計の点検」
福井大学医学部附属病院 放射線部 木下 尚紀 先生
「電位計ガイドラインでは電位計の点検はメーカーに依頼することを推奨していますが,ユーザーが行うことを否定してはいません. ユーザーによる点検は電位計の故障が疑われる場合など緊急時の簡易点検として有用な内容となっています.また,負担にならない程度で治療現場で電位計の点検を実施することは電位計の品質管理上,望ましいことです.
そこで,本実習ではユーザーによる電位計の点検方法の紹介と実演を行います.」

第10回中部放射線医療技術学術大会での2演題が優秀賞となりました.

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昨年秋に第10回中部放射線医療技術学術大会(CCRT)で学生が発表した演題2つが優秀賞となりました.

山本 大晃「ロイコクリスタルバイオレットを用いた色素ゲル線量計の特性評価」
街道 亮斗「Deformable Image Registration技術評価用データベース(DIR-DB)の開発」

DIR-DBは下のURLから
https://takemuralab.net/dirdb2/

ImageJ pluginを一部公開しました.

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以前サイトで公開していたImageJのpluginです.
サイト更新に伴い非公開にしておりましたが, 使っている人もいると聞きましたので非公開にする意味がないものは公開しました.
ただし, 以前のものからアップデート等は何もしておりません.
また, 公開しているpluginを使って何らか損害を被ったとしても責任は負えませんのでご注意ください.

B-Spline FFD with Plastimatch

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Plastimatchを用いると, DIRが可能です. ただしコマンドラインでの実行になります.

DIRは細かなパラメータがたくさんありますので, コマンドラインでの指定はなかなか大変なためか, Platimatchも, いちいちすべてのパラメータをコマンドラインで入力しなくていいように, コマンドファイル(command_file.txt)を作成し, そこにパラメータは記載し下のように実行します.

“>plastimatch registrer command_file.txt”

plastimatch: コマンド

register: 第1パラメータ, させたい処理を指定. 他に”add”, “compare”, “segment”, “threshold”などなど一般的な画像処理用のパラメータもあるようです.

command_file.txt: うえで述べた(今回だと)DIRの処理のパラメータを記載したファイル. 名前に .txtと付いているところで分かるように, テキスト形式のファイルです. command_fileのところは, 間違わなければ何でも構いません.

B-splineでDIRさせる際には, Demonsと比べ割と簡単なパラメータ設定で可能なようです. 下がcommand_file.txtの中身です. とは言っても, これはPlastimatchのサイトのドキュメントにあるサンプルそのままです.

 

# command_file.txt
[GLOBAL]
fixed=deojohn250.mha       #基準画像のファイル
moving=deojohn165.mha   #変形される画像ファイル
img_out=deojohn_bspline_warped.mha  #変形後の画像を出力するさいのファイル名
xform_out=deojohn_bspline_coefficients.mha  #今回の結果を元に再度実行する際にxform_inにこのファイルを指定することで, 今回の結果を修正するように実行できる.
vf_out=deojohn_bslpine_vf.mha  #Deformatin vectorのデータ

[STAGE] #粗い解像度から始めて3段階(3Stage)でDIRする設定.そのため[Stage]の設定が3つある. 下に行くほど細かく解像度も上げている.
xform=bspline  #B-splineの指定
impl=plastimatch  #ITKの実装(itkと指定)とplastimatchの実装が使えます.
threading=openmp #マルチコアなCPUを使う際に指定.
max_its=30  #最大繰り返し回数
regularization_lambda=0.005  #正規化の重み係数
grid_spac=100 100 100  #FFDのコントロールポイントのグリッド配置(各軸100 pix ごと)
res=4 4 2 #解像度を x,y,z 軸それぞれ 4 pix, 4 pix, 2 pixをまとめ1 pixにする.

[STAGE]
max_its=30
grid_spac=80 80 80
res=2 2 1

[STAGE]
max_its=30
grid_spac=60 60 60
res=1 1 1

入力ファイル, 出力ファイルともに3DSlicerでサポートされている mha形式にしました. DICOM形式の画像はそのままでは指定できませんので, 3D Slicerなどで読み込んだあとmha形式で保存して使うのがいいかもしれません.

 

 

 

2017年 合同ゼミ 予定

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今年の合同ゼミは藤田保健衛生大学で行います. もし卒業生, 社会人院生で参加したい人は連絡してください.

H29年度三大学合同ゼミ＠藤田
日程　：9月13日(水) 10:30開始予定
会場　：藤田保健衛生大学

PlastimatchのFDKのフィルター

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PlastimatchのFDKコマンドで再構成フィルタとしてrampフィルターが指定できる. ただし, rampフィルターのみ. そのため, どこでフィルタされているか,また別なフィルタを使いたい場合にどこを修正すればいいかコードを確認した.

まず, plastimatchはCUDAが使えるので, CUDA用コードとCUDAなし用コードがある. CUDA用コードは関数名の頭にCUDA_  が付くいて後は同じ名前になっている.

Githubなどからソースは取得済みである前提で.

FDKのソース: plastimatch/reconstruct/fdk.cxx

この中の reconstruct_conebeam(…) でFDK再構成をしている.  また更にこの中で,

proj_image_filter(…) を呼びここで投影像にフィルターを掛けている.

proj_image_filter()は proj_image_filter.cxxで記述されている.

 

Proj_imaeg_filterのソース: plastimatch/util/proj_image_filter.cxx

proj_image_filter()は単にramp_filter()へデータを渡すだけのラッパー.

将来的にここでフィルターの切り替えを考えているのかも.

 

ramp_filterのソース: plastimatch/util/ramp_filter.cxx

ここでramp_filterを実装している. とりあえず, このコードをいじってComplieすれば /ramp指定で書いたフィルタになる.