software – Takemura Lab.

ImageJ pluginでライブラリがない等のエラーの時

内部でapacheのcommonライブラリを使っているものがあると思います.
また, 開発にNetbeanを使用しているため, netbeanの配布ライブラリも必要な場合があります.
(確実に使っているものは一緒にライブラリファイルへのリンクを書いておきました)

もし,plugin実行時にそれらライブラリがないなどエラーが出たら, これらファイルを解凍してpluginフォルダに一緒に入れてみてください.

ImageJで開いている画像(StackでもOK)に別なDICOMファイルからDICOMヘッダーを移植します. ただし内容は確認していませんので, マトリックスサイズやエンディアンなどその値でいいか確認しておいてください.

注意: ファイルは圧縮してあります. 解凍してpluginフォルダに入れてください.

add_DICOMheader.java

3D SlicerでDICOM化が可能となっています. このプラグインではヘッダーのもととなるDICOM画像が必要になりますが, 3D Slicerでは必要ありません. DICOMの一意のUIDなどを破綻させずにDICOM化出来ますので, ぜひそちらを使ってください. 記事にしています.

また, 上部のプラグインは公開しないようにしました.

DICOM形式で出力された変形ベクトルのデータをImageJ で読み込むためのpluginです.

注意: サイトの制限から圧縮してあります. 解凍してPlugin フォルダに入れてください.

複数のCT画像(MRI画像も可能かもしれませんが未確認) をイメージ番号順, もしくは位置順に並び替えてStackにして開きます. ImageJでは一般にファイル名順に開くので, たまにそのままStackにすると画像順が正しくない場合があります. その問題に対応したpluginです.

注意: サイトの制限からファイルはzipで圧縮してあります. 解凍してからImageJのpluginフォルダに入れてください.